ماجرای این بقعه تاریخی به یکی از شب‌های ماه رجب سال ۱۰۴۱ قمری، یعنی ۴۰۰ سال پیش بر می‌گردد که جنایتی بزرگ و بهتر است بگوییم قتل عام دسته جمعی در اصفهان رخ داد که حتی در سفرنامه‌هایی مانند شاردن نیز به آن اشاره شده است، شبی که شاهزاده‌های ناکام صفوی توسط شاه صفی قتل عام شده و در گورستانی قدیم به خاک سپرده شدند. هنوز هم بقایای کوچکی از این گورستان در اصفهان و در جوار یک امامزاده در خیابان کاشانی اصفهان به نام «ستی فاطمه» وجود دارد که متأسفانه به فراموشی سپرده شده و به انبار تبدیل شده است.